Από το μικροσκόπιο του φορολογικού ελέγχου καλούνται να περάσουν χιλιάδες φορολογούμενοι που προχώρησαν στην αγορά ακινήτου μετά το 2005. ʽΗδη από το υπουργείο Οικονομικών άρχισαν να αποστέλλονται ειδοποιητήρια σε φορολογούμενους που καλούνται να δικαιολογήσουν το πόθεν έσχες για αυτές τις αγορές.Ειδικότερα, το υπουργείο έχει συλλέξει από όλα τα τμήματα κεφαλαίου των εφοριών τις δηλώσεις φόρου μεταβίβασης ακινήτων με τις οποίες έχει βεβαιωθεί φόρος μεταβίβασης άνω των 20.000 ευρώ. Οι δηλώσεις αυτές αφορούν κατά κανόνα αγορές ακινήτων αντικειμενικής αξίας άνω των 200.000 ευρώ. Τα ακίνητα που έχουν αγορασθεί είναι κυρίως δεύτερη ή τρίτη κατοικία (π.χ. εξοχικά) ή επαγγελματικά, καθώς στην πλειονότητά τους οι φορολογούμενοι που αγόρασαν πρώτη κατοικία απαλλάχθηκαν από το φόρο μεταβίβασης.
Οι φορολογούμενοι που καλούνται για φορολογικό έλεγχο θα πρέπει να προσέλθουν στην εφορία όπου φορολογούνται. Εκεί ανασύρεται η φορολογική δήλωση του έτους στο οποίο αποκτήθηκε το ακίνητο και ελέγχεται αν ο φορολογούμενος που το απέκτησε το έχει δηλώσει ως δαπάνη στον πίνακα των τεκμηρίων διαβίωσης. Στο υπουργείο Οικονομικών υπάρχουν σοβαρές ενδείξεις ότι χιλιάδες φορολογούμενοι δεν δήλωσαν τις αγορές ακινήτων προκειμένου να αποφύγουν τον έλεγχο πόθεν έσχες. Παράλληλα η ανυπαρξία συστήματος διασταύρωσης μεταξύ των τμημάτων κεφαλαίου των εφοριών όπου υποβάλλονται οι δηλώσεις φόρου μεταβίβασης και των τμημάτων Εισοδήματος έβαλε πολλούς φορολογούμενους στον πειρασμό να μην δηλώσουν τις αγορές ακινήτων που πραγματοποίησαν.
Όπου διαπιστώνεται ότι δεν έχει δηλωθεί η δαπάνη για την αγορά του ακινήτου επιβάλλονται πρόστιμα για ανακριβή φορολογική δήλωση. Εφόσον από τον έλεγχο προκύπτει ότι ο φορολογούμενος δεν μπορεί, βάσει των εισοδημάτων του, να δικαιολογήσει τη δαπάνη για την αγορά του ακινήτου τότε του επιβάλλεται και πρόσθετος φόρος και προσαυξήσεις εκπρόθεσμης καταβολής του.
Στις περιπτώσεις που ο φορολογούμενος έχει δηλώσει τη δαπάνη τότε ελέγχεται αν είναι ακριβή τα στοιχεία που έχει δηλώσει για να δικαιολογήσει τη δαπάνη (επαρκείς αποταμιεύσεις, λήψη δανείων, δωρεών κλπ). Για παράδειγμα, ελέγχεται αν ο φορολογούμενος έχει πράγματι λάβει δάνειο ή αν του επαρκούν οι αποταμιεύσεις που έχει δηλώσει ως πηγή για την αγορά του ακινήτου.